体延长，前部圆简形，后部侧扁；背缘浅弧形，腹缘稍平直；尾柄颇长,其长大于体高。头大，圆钝，前部宽面平扁，背部稍隆起，头宽大于头高。头部具5个感觉管孔。颏部稍凸出,具3纵行感觉乳突线。吻短而圆钝，吻长大于眼径。眼较小，背侧位,位于头的前半部，眼上缘突出于头部背缘,眼下缘无放射状感觉乳突线，仅具1条由眼后下方斜向前方的感觉乳突线。眼问隔较小,稍小于眼径，稍内凹。鼻孔每侧2个,分离,相互接近:前鼻孔具1短管,位近吻端;后鼻孔小,圆形,边缘隆起,紧位于前鼻孔与眼之间。口中大,前位,斜裂。两颌约等长或上颌稍突出。上领骨后端伸达眼前缘下方。上、下颌齿细小,尖锐,无犬齿,3~4行,排列稀疏。外行齿稍扩大；下颌内行齿亦扩大。犁骨、腭骨及舌上均无齿。唇略厚,发达。舌游离,前端圆形。鳃孔中大,侧位,其宽稍大于胸鳍基部宽,向头部腹面延伸,止于鳃盖骨中线下方。前鳃盖骨后缘有3个感觉管孔,鳃盖上方具3个感觉管孔,。峡部宽,鳃盖膜与峡部相连。鳃盖条5根。具假鳃。鰓耙短小。体被中大弱栉鳞,头的吻部、颊部、鳃盖部无鳞。项部在背鳍中央前方具8~11枚背鳍前鳞,鳞区向前仅伸达项部的1/3处,不达眼后方;胸部、腹部及胸缙基部无鳞;无侧线。背鳍2个,分离;第一背鳍高,基部短,起点位于胸鳍基部后上方,鳍棘柔软,第二及第三鳍棘最长,不呈丝状延长,平放时向后不伸达第二背鳍起点,雄鱼和雌鱼的鳍棘长并无显著区别;第二背略高于第一背鳍,基部较长,前部鳍条稍短,后部鳍条较长,最长的鳍条几乎等于吻后头长,平放时,不伸达尾鰭基。臀鳍与第二背鳍相对,同形,起点位于第二背鰭第二纤条的下方,后部鳍条较长,平放时,不伸达尾鳍基。胸鳍宽大,椭圆形,下侧位,鳍长几乎等于吻后头长,后缘伸达或伸越第二肯鳍起点。腹鳍略短于胸鳍,园盘状,膜盖发达,边缘弧形凹人,左、右腹鳍愈合成一吸盘,未端至臀鳍起点的距离等于腹鳍长。尾鳍长圆形,短于头长。肛门与第二背鰭起点相对。雄鱼生殖乳突细长面尖,雌鱼生殖乳突短钝,扁圆形。体呈黄棕色或褐色,身上密布许多红色或红褐色细小斑点,吻部、颊部及盖上皆有许多红色或橘红色斑点；两眼前方无“U”形条纹,眼前及眼下各有1条细窄红纹，延伸到吻端及上倾中央上方。第一背鳍第一到第三之间下半部的鳍膜处有1个黑蓝色亮斑,各鳍膜有散列的红色斑点；第二背有3~5列红色或橘红色点,雄鱼第二背鳍外缘呈白色;尾鳍有4~7列散开的红色或红褐色斑点;臀鳍橘黄色,较外缘为黑色,最外缘则呈白色或透明无色;胸鳍基部有2~3列垂直排列的红色或橘红色斑点。短吻红斑吻虾虎鱼为溪流中、上游的小型底栖鱼类,为吻虾虎鱼中典型的陆封种,可归于初级淡水鱼。仔鱼完全无浮游期,与日本产的河川吻虾虎鱼 R. flumineus的生活史形态相类似,常栖息于小支流里的缓流区、边缘水等环境中,不喜好活动。肉食性,以水生昆虫为食。体长50~60mm。数量极少,属于稀有种类,为颜危物种( (endangered),已被列人中国物种红色名录（2004）